Ang bandilang Pilipino ay nilikha ng madugong pakikibaka. Ginawa ito ng magigiting na kaanib sa mapaghimagsik na Katipunan ni Bonifacio, na siyang nanguna sa pakikilaban sa Espanya.
Nang una, ang bandila nati'y binubuo ng kayong pula na siyang sagisag ng dugo ng mga kaanib sa Katipunan, bilang tanda ng kanilang pagtatanggol sa Inang-Bayan. Ang araw ay nangangahulugan ng pagsibol ng bagong bansa, kaya't sa gitna ng tinurang araw ay may isang titik na K na ang katuturan nama'y Kalayaan.
Nagkaroon pagkatapos ng iba't ibang hugis, na ang lalong tanyag ay ang kina Heneral Pio del Pilar at Gregorio del Pilar. Ang balangkas ng mga bandilang ito'y siyang pinagtularan ng ngayo'y puting triyanggulo, na may dalawang guhit na paayun, araw, at mga bituin.
Ang maningning na tandang ito na buong pagwawaging iwinagayway noong unang taon ng Himagsikan ay natiklop noong ika-27 ng Disyembre, 1897, nang lagdaan ang kasunduan sa Biyak-na-Bato bilang pagtatabi ng tabak ng paghihimagsik.
Isang muling pagbabago ang ginawa ng Kapulungan sa Naik sa ating bandila noong ika-17 ng Marso, 1897, nang ang K ay alisin sa gitna ng Araw.
Ang bandila ngayon ay kahugis noong sa 1898, na ginawa't pinagtibay ng Junta Patriotica, sanggunian ng mga tapong Pilipino sa Hongkong, at dinala sa Pilipinas ni Heneral Emilio Aguinaldo noong ika-19 ng Mayo, 1898. Sa maraming paglalabanang sumunod, nang magbalik ang mga Pilipino sa kanilang lupain, ang bandila, na lalong naging makahulugan sa pagkakaragdag ng tatlong bituing kumakatawan sa tatlong malalaking pulo ng Pilipinas, ay buong tagumpay na iwinagayway ng ating hukbo ng Himagsikan.
Ang bandilang ito ay siya nang kinikilalang watawat ng Republika Pilipina noong ika-12 ng Hunyo, 1898, sa Kawit, Kabite. Siya na ring sumaksi't nagpatibay sa pagpapasinaya ng Republika sa Malolos, Bulakan, noong ika-23 ng Hunyo, 1899. Ito na rin ang sumaksi sa pagwawagi't pagkatalo ng mga Pilipino sa Digmaang Pilipino-Amerikano hanggang sa mahuli si Aguinaldo sa Palanan, Isabela, noong ika-23 ng Marso, 1901.
Sa loob ng mga unang taon ng kapangyarihang Amerikano sa Kapuluan, ang paglaladlad ng bandilang Pilipino ay naging sanhi ng di pagkakaunawaan, kaya't ang Komisyon, noong ika-23 ng Agosto, 1907, ay nagpatibay ng batas Big. 1696, na kilala sa tawag na Batas sa Bandila na nagbabawal ng paglaladlad ng bandilang Pilipino sa alin mang pook kahit sa tahanan. Tuwing magbubukas ng pulong ang Batasan, mula noong 1908 hanggang 1914, ang mga lider na Pilipino ay gumagawa ng hakbang na tungo sa ikawawalang-halaga ng tinurang batas. Nagtamo sila ng tagumpay tungkol dito noong ika-22 ng Oktubre, 1919, na panahon ng Gobernador-Heneral Francis Burton Harrison.
Ang pagkapabalik ng bandilang Pilipino ay nangahulugan ng pagkilala sa pagka-bansa ng Pilipinas, kaya't sa kasalukuyan, ang ating bandila na sagisag ng bagong kalayaan, at ng bagong bansa, ay hindi kapiling na nakawagayway ng bandilang Amerikano.