Dahil sa pagkatapon kay Rizal sa Dapitan, ipinalagay ng maraming Pilipino na ang kampanya ng Propaganda ay hindi gaanong mabisa sa pagtatamo ng mga pagbabago. Nakita nilang ang nararapat gawin ng mga Pilipino ay maghanda para ibagsak ang pamahalaang Kastila sa pamamagitan ng lakas at madugong paraan. Ang kaisipang ito ang naging dahilan ng pagtatatag ng Katipunan. Noong gabi ng ika-7 ng Hulyo, 1892, noong araw na mapalathala ang utos ni Gobernador Despujol na pagtatapon kay Rizal, nagpulong sa isang bahay sa Tondo ang maliit na pangkat ng mga Pilipino. Si Andres Bonifacio ang lider nila. Doon itinatag ni Bonifacio at ng kanyang mga kasama ang Katipunan.
Si Bonifacio ay isinilang noong ika-30 ng Nobyembre, 1863. Mahirap ang kanyang mga magulang. Nag-aral siya sa isang paaralang pribado. Hindi siya nakaabot sa kolehiyo ngunit marunong siyang bumasa ng Kastila. Nabasa niya ang mga nobela ni Rizal at ilang akda ng mga manunulat na dayuhan. Noong panahon ng pagtatatag ng Katipunan, guwardiya siya sa isang bodega sa Maynila.
Ang Katipunan ay isang lihim na samahang ang layon ay palayain ang Pilipinas sa pananakop ng Espanya.
Upang mapangalagaan ang mga lihim ng Samahan, yumari sila ng maingat na palakad sa pagtanggap ng mga bagong kasapi. Ang mga ibig sumapi ay nagdaraan sa isang mahigpit na pagsubok. Kailangang sumumpa sila na: (1) hindi nila ibubunyag ang mga lihim ng Samahan at (2) magiging matapat sila sa mithiin at layon ng Katipunan. Ang kanilang panunumpa ay nilalagdaan ng dugong kinukuha sa kanilang ugat. Ang ganitong seremonyang tinatawag na Sandugo ay ginagawa na ng ating mga ninuno bago pa dumating ang panahon ng Kastila.
Ang Katipunan ay nagbibigay sa mga bagong kasapi ng mga nakasulat na mga tagubilin. Ang isa sa nilalaman nito ay ang dekalogong sinulat ni Andres Bonifacio na pinamagatang Katungkulang Gagawin ng mga Anak ng Bayan. Ang isa pa ay ang Kartilya ng Katipunan na sinulat ni Emilio Jacinto.
Magmula sa unti-unting simula nito, ang Katipunan ay mabilis na lumaganap sa masang mamamayan. Ang dakilang mithiin nito - ang pagsasarili ng Pilipinas - ay nakaganyak sa pagtataguyod at pagtatapat ng taong bayan. Marami sa dating kasapi ng La Liga Filipina ay umalis sa samahang iyon at sumapi sa Katipunan.
Ang Katipunan ay ang malaking sanhi kung bakit natin natamo ang kasarinlan noong Hunyo 12, 1898.